Vụ Pháp chế được thành lập trên cơ sở tiền thân là Phòng Pháp chế thuộc Văn phòng Bộ Y tế. Để hình thành các tổ chức pháp chế ngành, Hội đồng Bộ trưởng đã ban hành Nghị định số 178/HĐBT ngày 17/6/1985 về tổ chức pháp chế của các ngành và các đơn vị sản xuất kinh doanh thuộc khu vực Nhà nước. Trên cơ sở đó, ngày 06/8/1990, Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành Quyết định số 623/BYT/QĐ thành lập Phòng Pháp chế thuộc Văn phòng Bộ. Thành tích nổi bật của công tác pháp chế giai đoạn này là soạn thảo và trình Quốc hội ban hành Luật Bảo vệ sức khoẻ nhân dân năm 1989 - đạo luật đầu tiên về y tế, Pháp lệnh Hành nghề y, dược tư nhân năm 1993 và Pháp lệnh phòng, chống HIV/AIDS năm 1995. Các văn bản này đã tạo hành lang pháp lý cơ bản cho các hoạt động y tế. Đồng thời, công tác pháp chế trong lĩnh vực quản lý nhà nước về y tế ngày càng phát huy được vai trò quan trọng, tạo điều kiện thuận lợi để phát triển tổ chức từ Phòng Pháp chế lên thành Vụ Pháp chế.
Ngày 24/01/1997, Vụ Pháp chế đã được thành lập theo Quyết định số 42/TTg của Thủ tướng Chính phủ. Trên cơ sở đó, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 250/BYT-QĐ ngày 22/02/1997 quy định chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của Vụ Pháp chế. Do yêu cầu phát sinh của công tác quản lý tại thời điểm này, ngoài công tác pháp chế, Vụ Pháp chế được giao thêm nhiệm vụ về công tác thi đua khen thưởng và sau đó là công tác truyền thông, giáo dục sức khoẻ (năm 1998).
Đến năm 2012, công tác chuyên môn của Vụ Pháp chế đã có những bước phát triển mới, thực sự là cơ quan tham mưu đắc lực giúp Bộ trưởng Bộ Y tế thực hiện quản lý nhà nước bằng pháp luật về y tế. Tuy nhiên, sau quá trình 15 năm hình thành và phát triển, yêu cầu thực tiễn cho thấy, cả 3 lĩnh vực công tác của Vụ Pháp chế đều được bổ sung nhiều nhiệm vụ mới, khối lượng công việc ngày càng tăng. Riêng đối với công tác pháp chế đã được giao thêm nhiều nhiệm vụ mới đòi hỏi tổ chức và nhân lực phải được tăng cường. Do vậy, cần phải có phương án mới để kiện toàn và phát triển Vụ Pháp chế độc lập, thành lập mới Vụ Truyền thông, Thi đua khen thưởng nhằm tạo điều kiện cho các công tác này phát triển hiệu quả hơn.
Ngày 31/8/2013 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 63/2012/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế, theo đó Vụ Pháp chế đã được tổ chức lại thành Vụ chuyên trách công tác pháp chế để đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ được giao.